Programy antywirusowe często są wyposażone w dwa niezależnie pracujące moduły (uwaga: różni producenci stosują różne nazewnictwo):

• skaner - bada pliki na żądanie lub co jakiś czas; służy do przeszukiwania zawartości dysku
• monitor - bada pliki ciągle w sposób automatyczny; służy do kontroli bieżących operacji komputera

Program antywirusowy powinien również mieć możliwość aktualizacji definicji nowo odkrytych wirusów, najlepiej na bieżąco, przez pobranie ich z Internetu, ponieważ dla niektórych systemów operacyjnych codziennie pojawia się około trzydziestu nowych wirusów.

Widoczna jest tendencja do integracji narzędzi do ochrony komputera. Kiedyś był to jedynie skaner, który wyszukiwał wirusy, początkowo na podstawie sygnatur znanych wirusów, a potem także typujący pliki jako zawierające podejrzany kod za pomocą metod heurystycznych.

Obecnie poza skanerem, monitorem i modułem do aktualizacji sieciowej pakiet antywirusowy zawiera często także zaporę sieciową, moduły kontroli przesyłek poczty elektronicznej i plików pobieranych z sieci, a poza wirusami chroni też ogólnie przed tzw. malware, czyli różnego rodzaju szkodliwym oprogramowaniem, oraz dba o ochronę prywatności danych użytkownika. Nieraz zawiera też narzędzia ułatwiające administrację większej ilości stanowisk (np. zdalna aktualizacja czy zgłaszanie zagrożeń administratorowi sieci), co przydaje się w zarządzaniu lokalnymi sieciami firm i organizacji.